《波塞冬》讲述的是国家最高海洋警察悬案搜查队的故事，展现海洋警察们为了惩治海洋犯罪而奋斗的画面，“波塞冬”即使这支特工队的名字。

崔宝娜是一位平凡得不能再平凡的女子，她不仅样貌普通，就连性格亦乏善可陈，每每提到她，朋友们只说她是个“老好人”，就再无其他。这样的崔宝娜，自然和充满了浪漫气息的爱情无缘，更糟糕的是，别说爱情了，崔宝娜就连和异性相处的经历都少得可怜，这样的她，真的能够找到自己的如意郎君吗？一次偶然中，崔宝娜于片场拾得

时运不济的专业围棋选手宋泰锡（郑雨盛饰）受沉湎于赌博的哥哥所托，帮助其在围棋赌局上出老千，结果被对方看破，哥哥遭受毒打后惨死，泰锡也被投入监牢。在狱中他利用棋艺从牢头处获得许多利益，更分别跟随神秘高手和黑帮老大锻炼出高超棋艺和强壮体魄。重获自由后，泰锡乔装打扮化名大石，并网罗了身处底层的宫秀、主（安